Karstformen
Kalktuffbildung
An etlichen, von kalkhaltigem Wasser überströmten, Hängen bildet sich Kalktuff in Zusammenhang mit Moosen. Durch den Entzug von CO2 aus dem Wasser durch die Moose wird das Wasser kalkübersättigt, d.h. CaCO3 fällt aus und bildet Kalktuff. Ein eindrückliches Beispiel hierfür ist eine große „Kalktuffnase“ an der Einmündung des Tannegger Bachs. Diese Formen und Prozesse finden sich auch in der Grundgebirgsschlucht an Stellen wo kalkhaltiges Wasser aus den überlagernden Muschelkalkschichten herunterfließt.
Wutachversickerung
Die Wutach versickert im Bereich der Muschelkalkschlucht in ihrem Bett auf einem Streckenabschnitt von ca. 1,5 km. In trockenen Sommern kann es sein dass sie vollständig trocken fällt und oberflächlich nicht mehr vorhanden ist. Der Karstprozess der Mischungskorrosion (Mischung von zwei kalkgesättigten Wässern mit unterschiedlich hohem CaCO3/ CO2- Verhältnis, die dadurch wieder kalkaggressiv werden), führt dazu, dass die Wutach in einem unterirdischen Höhlen- und Kluftsystem weitergeleitet werden kann. Sie geht unterirdisch nicht ihren Vorflutern wie etwa dem Rhein zu, da sie an den Verwerfungsflächen des Lenzkirch- Bonndorfer Grabensystems auf unlösliches granitisches/ gneissisches Grundgebirge stößt und so gewissermaßen gezwungen ist wieder in ihr eigenes Bett zurück zu fließen. Nach ca. 1,5 km tritt die Wutach so wieder zu tage. Sie fließt an der Schichtgrenze von mittlerem- zu unterem Muschelkalk, was teilweise durch den seitlichen Zufluss sehr gut sichtbar ist, wieder zurück in ihr Bett.
Dolinen
Eine weitere Karstform, die nicht unmittelbar in der Wutachschlucht jedoch in der Baarhochfläche über der Wutach liegt, ist eine Doline bei Göschweiler. Es handelt sich hierbei um eine Einsturzdoline. Sie entstand durch die Herauslösung der gipsführenden und damit leichter löslichen mittleren Muschelkalkschichten, wodurch die überlagernden oberen Muschelkalkschichten einbrachen. Die Doline entstand 1954, stellt also ein sehr rezentes Beispiel dar. Anfangs betrug ihre Tiefe 38 m, durch nachfallendes Gestein aus dem mittleren Muschelkalk wurde die Doline jedoch soweit verfüllt, dass ihre heutige Tiefe bei 22 m liegt. Ebenfalls an diesem ausgelagerten Standort findet man die Göschweiler Schotter. Das Vorkommen dieser allochtonen Buntsandsteingerölle im Muschelkalkgebiet ist durch glazialen Transport zu erklären, da gegen einen fluvialen Transport die vorgelagerte Röthenbacher Senke spricht. Die Gerölle entstammen dem westlich gelegenen Hochfirst, wo der Buntsandstein ansteht. Da die Gletscher der Würmkaltzeit allerdings nicht bis zum Standort reichten, muss der Transport in der Risskaltzeit erfolgt sein.